Du pied de coteau jusqu’au cœur du marais, les Courtils de Bouquelon présentent un double gradient d’hydromorphie et de niveau trophique.
Le long de ce gradient s’installent deux grands types de végétation herbacée :
- Dans les secteurs les moins humides et les plus riches (au sens agronomique) près du coteau, les prairies humides (appartenant au Junco acutiflori-Cynosuretum cristati) caractérisées par la présence d’un fond prairial constitué de plantes typiques de la gestion en prairie, indifférentes ou presque aux conditions édapho-hydrologiques parmi lesquelles peuvent être citées la crételle, le trèfle blanc, le vulpin des prés,…. A ce fond prairial s’ajoutent, du fait du caractère humide des terrains, des espèces typiques des zones humides comme le jonc aigu, le carex distiqué, la prêle des marais, l’agrostide stolonifère….
- Plus au cœur du marais, quand l’hydromorphie et l’oligotrophie deviennent plus importantes, les groupements de bas marais appartenant à la classe des Caricetea fuscae. Les espèces prairiales disparaissent au profit d’espèces des bas marais comme le carex noir, l’hydrocotyle des marais, l’agrostide des chiens, ou encore le rare mouron délicat,…La gestion par le pâturage extensif et la nature turficole du sol permettent une diversification des groupements depuis le Cirsio-scorzoneretum en milieu bien pâturé, les prairies à molinie quand le pâturage est moins fort et les groupements du Rhynchosporion dans les dépressions.
En bordure des fossés à l’origine du paysage si spécifique, se développent des mégaphorbiaies à reine des prés au niveau des prairies humides et des cladiaies à marisque dans les niveaux de bas marais. En l’absence de gestion, les boisements se développent, aulnaies et saulaies dans les milieux plus eutrophes, taillis à Bois-sent-bon (Myrica gale) et bétulaie en milieu plus oligotrophe.
Plusieurs mares ponctuent les groupements herbacés, elles accueillent des groupements aquatiques rares à potamot coloré et utriculaire et des parvo-roselières typiques des milieux très oligotrophes à hydrocotyle, flûteau fausse-renoncule, scirpe à plusieurs tiges, ….
Beaucoup de ces habitats sont inscrits à l’annexe II de la Directive Habitats (prairies à molinie, tourbière basse alcaline,…) certains sont même prioritaires pour cette directive (Rhynchosporion, marais à marisque,….).