Au sein de ces habitats de grand intérêt biologique et écologique se développent de nombreuses espèces rares de grand intérêt patrimonial. Ainsi sur les quelques 300 espèces végétales supérieures présentes sur les terrains des Courtils de Bouquelon 19 sont protégées et soixante dix sont rares à très rares. Parmi les plus caractéristiques, on peut noter : la renoncule langue, les rossolis intermédiaires et à feuilles rondes, le trocart des marais, le mouron délicat, le thelyptère des marais, le flûteau fausse-renoncule, la lobélie brûlante, la grassette du Portugal, la potentille des marais, la pédiculaire des bois, le cirse des Anglais, la dactylorhize des marais, l’orchis négligé, la linaigrette à feuilles étroites, le souchet brun, le scorsonère humble, le saule rampant, l’osmonde royale….et depuis 2009 sans doute la Liparis de Loesel…trouvée à l’état végétatif à l’automne 2009 et dont la détermination devra être confirmée avec les hampes florales en 2010.
Les inventaires mycologiques et bryologiques montrent aussi la présence de dizaines d’espèces à valeur patrimoniale.
Les Courtils de Bouquelon 